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由于冷却水在循环冷却水系统中长时间反复使用，会使水质发生变化并产生以下问题：
①循环水在冷却塔内的冷却过程中，与空气进行充分接触，使水中的溶解氧不断得到补充而达到饱和，水中的溶解氧会对循环水系统中的金属造成电化学腐蚀；
②水在冷却塔冷却过程中不断蒸发，使循环水重含盐量不断浓缩而增加，再加上水中二氧化碳在塔中解析溢出，水中碳酸钙、等在传热面上结垢的倾向增加；
③冷却水在塔中冷却过程中与大量空气进行热交换，空气中的灰尘、泥沙、微生物等融入水中，会使系统的污泥增加而产生沉淀，成为泥垢；
④水在冷却塔中受到的光照、适宜的温度、充足氧和养分，都有利于细菌藻类的繁殖生长，促其不断地新陈代谢而使系统中黏泥增加，这些黏泥不仅在换热器中沉淀下来，而且会产生微生物腐蚀。
循环冷却水系统中沉积结垢、设备的腐蚀、微生物的滋生都是系统在运行过程中相辅相成、必然存在的问题，这些问题会造成：换热器效率降低、能量浪费、过水断面缩小、阻力增加、通水能力降低、设备及管道腐蚀等危害。
当系统已经出现上述问题时，可以先用除垢剂、粘泥剥离剂进行系统清洗，在系统清洗之后，尤其是酸洗之后，在系统投入正常使用前，需要进行预膜处理，即预先在金属表面形成一层金属保护膜，防止腐蚀。再在日常运行中定期投加阻垢缓蚀剂、杀菌灭藻剂、缓蚀剂等，这样才可以有效防止或减缓系统的腐蚀和结垢以及微生物的危害，确保循环冷却水系统高效安全稳定地运行。
